El FODESEP tiene como misión la ejecución de las políticas de fomento para las Instituciones de Educación Superior; así como todas aquellas actividades que, en el marco de la articulación y colaboración armónica, fortalecen a la educación superior; en términos de calidad, cobertura y equidad regionalizada.

Justamente, dentro de las funciones que se encuentran asignadas en el Decreto No 2905 de 1994, el FODESEP está facultado para administrar recursos y ejecutar proyectos a las entidades públicas, siempre y cuando estén relacionados con la educación superior.

Las experiencias significativas del FODESEP con entidades gubernamentales, respecto a la administración de recursos y ejecución de proyectos relacionados acceso y permanencia en la educación superior y su positivo impacto social de las zonas beneficiarias de dichos proyectos, han sido un referente para otras entidades que desarrollan proyectos de manera independiente o, con el FODESEP.